頑皮的聖嬰雖然科學界現在已經明確地知道聖嬰和反聖嬰發生時,大氣和海洋之間發生怎樣的變化,也提出了許多理論解釋聖嬰和反聖嬰為什麼會出現。但是聖嬰現象充滿了驚奇,它總是在當科學家自以為解開了謎團的時候,像超級馬利歐遊戲一樣,告訴我們另一個待解謎題。以這回的聖嬰而言,就有幾個現象與過去的聖嬰不同。比如,1998年上半年台灣氣溫普遍偏高,但是同樣是發生超級聖嬰的1983年上半年的氣溫卻接近平均值;聖嬰年夏季,印度經常鬧乾旱,但是1997年印度夏季雨量並未明顯偏少;1998年7月,全球氣溫普遍上升的現象,往年也未發生。
又如,1998年5-6月之間,赤道中太平洋海溫在一個月內下降攝氏5.6度,科學家也因此預告反聖嬰現象即將來臨。此次海水溫度下降幅度之大與速度之快,自有觀測資料以來,史無前例。這些例子反應出,即使是20世紀未的萬物之靈,仍無法充分掌握大自然的奧妙,對氣候的瞭解與預報仍有許多力有未逮之處。